Konfederacija sindikatov javnega sektorja Slovenije (KSJS Slovenije) je bila ustanovljena s sprejemom Akta o ustanovitvi, ki so ga 1. 2. 2006 v Ljubljani podpisali predsedniki Sindikata vzgoje, izobraževanja, znanosti in kulture Slovenije, Sindikata zdravstva in socialnega varstva Slovenije, Sindikata delavcev v zdravstveni negi Slovenije, Policijskega sindikata Slovenije, Neodvisnega sindikata delavcev Ljubljanske univerze in Sindikata delavcev v pravosodju Slovenije, konec leta 2007 pa se nam je pridružil še Sindikat javnih uslužbencev Slovenije.

Sindikati – ustanovitelji so konfederacijo ustanovili z namenom, da se bodo skupno zavzemali za boljši socialni in materialni položaj javnih uslužbencev, za spoštovanje človekovih pravic, varovanje poklicnih in sindikalnih pravic članstva in skupno nastopanje v organizacijah in predstavniških organih na državni ravni. Statut in resolucija o programskih smernicah, ki so ju sprejeli delegati na 1. kongresu določata, da bo delovanje konfederacije temeljilo na načelih solidarnosti, medsebojnega sodelovanja, izhajajoč iz temeljnih dokumentov Evropske unije, Mednarodne organizacije dela, Evropske socialne listine in Ustave Republike Slovenije. Januarja 2007 se je Konfederaciji sindikatov javnega sektorja Slovenije pridružil še Sindikat delavcev v pravosodju Slovenije.

Konfederacija se je konstituirala na ustanovnem kongresu, 9. marca 2006, kjer je skupno 200 delegatov sprejelo statut, resolucijo o programskih smernicah, resolucijo o uveljavljanju novega plačnega sistema v javnem sektorju ter izvolilo predsedstvo in predsednika.

Predsedstvo je v mesecu maju 2006 imenovalo generalnega sekretarja, ki je junija 2006 pričel z delom na sedežu KSJS, na Dalmatinovi ulici 4, v Ljubljani.

Konfederacija je 22. 3. 2007 izvedla svoj 2. kongres, kjer je sprejela program do leta 2010, stališča o plačnem sistemu za javne uslužbence, resolucijo o kakovostnem javnem šolstvu in zdravstvu ter izvolila Branimirja Štruklja za predsednika za mandatno obdobje do leta 2010.

KSJS Slovenije je na 3. kongresu, 7. 4. 2010, sprejela program do leta 2014 in resoluciji:
Za krepitev javnih storitev in ohranitev socialnega položaja
Dodatno pokojninsko zavarovanje za javne uslužbence
ter ponovno izvolila Branimirja Štruklja za predsednika za mandatno obdobje do leta 2014.

KSJS Slovenije je na 4. kongresu, 8.4.2014, sprejela program do leta 2018 in resolucijo:
Proti demontaži javnega sektorja in odpuščanju javnih uslužbencev
ter ponovno izvolila Branimirja Štruklja za predsednika KSJS Slovenije za mandatno obdobje 2014-2018.